COVID-19 FHIR Profile Library IG
0.13.0 - 1st Comment Ballot

This page is part of the Logica COVID-19 FHIR Profile Library IG (v0.13.0: Drafts Ballot 1) based on FHIR R4. The current version which supercedes this version is 1.0.0. For a full list of available versions, see the Directory of published versions

Lab Profiles

Lab Profiles

These profiles are based on LOINC codes specific to SARS CoV 2(the causitive agent of COVID-19) and a few others related to it. Many of them are in a pre-release state and are therefore subject to change. Their status will be updated on the normal release scheduled by Regenstrief.

For information about mapping COVID-19 laboratory test codes to a specific test, click here to download CDC’s up to date test mapping tool site supported by SHIELD.

LOINC/Profile table

LOINC Code Profile link
71776-9 Gamma interferon background [Units/volume] in Blood by Immunoassay
82163-7 Human coronavirus 229E RNA [Presence] in Nasopharynx by NAA with non-probe detection
88891-7 Human coronavirus 229E+HKU1+OC43+NL63 RNA [Presence] in Nasopharynx by NAA with non-probe detection
82161-1 Human coronavirus HKU1 RNA [Presence] in Nasopharynx by NAA with non-probe detection
82162-9 Human coronavirus NL63 RNA [Presence] in Nasopharynx by NAA with non-probe detection
82164-5 Human coronavirus OC43 RNA [Presence] in Nasopharynx by NAA with non-probe detection
80382-5 Influenza virus A Ag [Presence] in Nasopharynx by Rapid immunoassay
95942-9 Influenza virus A and B and SARS-CoV+SARS-CoV-2 (COVID-19) Ag panel - Upper respiratory specimen by Rapid immunoassay
95941-1 Influenza virus A and B and SARS-CoV-2 (COVID-19) and Respiratory syncytial virus RNA panel - Respiratory specimen by NAA with probe detection
95380-2 Influenza virus A and B and SARS-CoV-2 (COVID-19) and SARS-related CoV RNA panel - Respiratory specimen by NAA with probe detection
95423-0 Influenza virus A and B and SARS-CoV-2 (COVID-19) identified in Respiratory specimen by NAA with probe detection
95422-2 Influenza virus A and B RNA and SARS-CoV-2 (COVID-19) N gene panel - Respiratory specimen by NAA with probe detection
92142-9 Influenza virus A RNA [Presence] in Respiratory specimen by NAA with probe detection
80383-3 Influenza virus B Ag [Presence] in Nasopharynx by Rapid immunoassay
92141-1 Influenza virus B RNA [Presence] in Respiratory specimen by NAA with probe detection
71774-4 Mitogen stimulated gamma interferon [Units/volume] corrected for background in Blood
71772-8 Mitogen stimulated gamma interferon [Units/volume] in Blood
92131-2 Respiratory syncytial virus RNA [Presence] in Respiratory specimen by NAA with probe detection
95971-8 SARS CoV-2 stimulated gamma interferon [Presence] in Blood
95974-2 SARS CoV-2 stimulated gamma interferon panel - Blood
95972-6 SARS CoV-2 stimulated gamma interferon release by T-cells [Units/volume] corrected for background in Blood
95973-4 SARS CoV-2 stimulated gamma interferon release by T-cells [Units/volume] in Blood
95209-3 SARS-CoV + SARS-Cov-2 (COVID19) Ag [Presence] in Respiratory specimen by Rapid immunoassay
94763-0 SARS-CoV-2 (COVID19) [Presence] in Unspecified specimen by Organism specific culture
94661-6 SARS-CoV-2 (COVID19) Ab [Interpretation] in Serum or Plasma
95825-6 SARS-CoV-2 (COVID-19) Ab [Presence] in DBS by Immunoassay
94762-2 SARS-CoV-2 (COVID19) Ab [Presence] in Serum or Plasma by Immunoassay
94769-7 SARS-CoV-2 (COVID19) Ab [Units/volume] in Serum or Plasma by Immunoassay
96118-5 SARS-CoV-2 (COVID-19) Ab panel - DBS by Immunoassay
94558-4 SARS-CoV-2 (COVID19) Ag [Presence] in Respiratory specimen by Rapid immunoassay
96119-3 SARS-CoV-2 (COVID-19) Ag [Presence] in Upper respiratory specimen by Immunoassay
96094-8 SARS-CoV-2 (COVID-19) and SARS-related CoV RNA panel - Respiratory specimen by NAA with probe detection
94509-7 SARS-CoV-2 (COVID19) E gene [Cycle Threshold #] in Unspecified specimen by NAA with probe detection
94758-0 SARS-CoV-2 (COVID19) E gene [Presence] in Respiratory specimen by NAA with probe detection
94765-5 SARS-CoV-2 (COVID19) E gene [Presence] in Serum or Plasma by NAA with probe detection
94315-9 SARS-CoV-2 (COVID19) E gene [Presence] in Unspecified specimen by NAA with probe detection
95125-1 SARS-CoV-2 (COVID19) IgA + IgM [Presence] in Serum or Plasma by Immunoassay
94562-6 SARS-CoV-2 (COVID19) IgA Ab [Presence] in Serum or Plasma by Immunoassay
94768-9 SARS-CoV-2 (COVID19) IgA Ab [Presence] in Serum, Plasma, or Blood by Rapid imunoassay
95427-1 SARS-CoV-2 (COVID-19) IgA Ab [Titer] in Serum or Plasma by Immunofluorescence
94720-0 SARS-CoV-2 (COVID19) IgA Ab [Units/volume] in Serum or Plasma by Immunoassay
94761-4 SARS-CoV-2 (COVID19) IgG Ab [Presence] in DBS by Immunoassay
94563-4 SARS-CoV-2 (COVID19) IgG Ab [Presence] in Serum or Plasma by Immunoassay
94507-1 SARS-CoV-2 (COVID-19) IgG Ab [Presence] in Serum, Plasma or Blood by Rapid immunoassay
95429-7 SARS-CoV-2 (COVID-19) IgG Ab [Titer] in Serum or Plasma by Immunofluorescence
94505-5 SARS-CoV-2 (COVID19) IgG Ab [Units/volume] in Serum or Plasma by Immunoassay
94504-8 SARS-CoV-2 (COVID19) IgG and IgM panel - Serum or Plasma by Immunoassay
94503-0 SARS-CoV-2 (COVID19) IgG and IgM panel - Serum or Plasma Qualitative by Rapid immunoassay
94547-7 SARS-CoV-2 (COVID19) IgG+IgM Ab [Presence] in Serum or Plasma by Immunoassay
95542-7 SARS-CoV-2 (COVID-19) IgG+IgM Ab [Presence] in Serum, Plasma or Blood by Rapid immunoassay
95416-4 SARS-CoV-2 (COVID-19) IgM Ab [Presence] in DBS by Immunoassay
94564-2 SARS-CoV-2 (COVID19) IgM Ab [Presence] in Serum or Plasma by Immunoassay
94508-9 SARS-CoV-2 (COVID19) IgM Ab [Presence] in Serum or Plasma by Rapid immunoassay
95428-9 SARS-CoV-2 (COVID-19) IgM Ab [Titer] in Serum or Plasma by Immunofluorescence
94506-3 SARS-CoV-2 (COVID19) IgM Ab [Units/volume] in Serum or Plasma by Immunoassay
95521-1 SARS-CoV-2 (COVID-19) N gene [#/volume] (viral load) in Respiratory specimen by NAA with probe detection
94510-5 SARS-CoV-2 (COVID19) N gene [Cycle Threshold #] in Unspecified specimen by NAA with probe detection
94311-8 SARS-CoV-2 (COVID19) N gene [Cycle Threshold #] in Unspecified specimen by Nucleic acid amplification using primer-probe set N1
94312-6 SARS-CoV-2 (COVID19) N gene [Cycle Threshold #] in Unspecified specimen by Nucleic acid amplification using primer-probe set N2
95522-9 SARS-CoV-2 (COVID-19) N gene [Log #/volume] (viral load) in Respiratory specimen by NAA with probe detection
94760-6 SARS-CoV-2 (COVID19) N gene [Presence] in Nasopharynx by NAA with probe detection
95409-9 SARS-CoV-2 (COVID-19) N gene [Presence] in Nose by NAA with probe detection
94533-7 SARS-CoV-2 (COVID19) N gene [Presence] in Respiratory specimen by NAA with probe detection
94757-2 SARS-CoV-2 (COVID19) N gene [Presence] in Respiratory specimen by Nucleaic acid amplification using CDC primer-probe set N2
94756-4 SARS-CoV-2 (COVID19) N gene [Presence] in Respiratory specimen by Nucleic acid amplification using CDC primer-probe set N1
95425-5 SARS-CoV-2 (COVID-19) N gene [Presence] in Saliva (oral fluid) by NAA with probe detection
96448-6 SARS-CoV-2 (COVID-19) N gene [Presence] in Saliva (oral fluid) by Nucleic acid amplification using CDC primer-probe set N1
94766-3 SARS-CoV-2 (COVID19) N gene [Presence] in Serum or Plasma by NAA with probe detection
94316-7 SARS-CoV-2 (COVID19) N gene [Presence] in Unspecified specimen by NAA with probe detection
94307-6 SARS-CoV-2 (COVID19) N gene [Presence] in Unspecified specimen by Nucleic acid amplification using primer-probe set N1
94308-4 SARS-CoV-2 (COVID19) N gene [Presence] in Unspecified specimen by Nucleic acid amplification using primer-probe set N2
95411-5 SARS-CoV-2 (COVID-19) neutralizing antibody [Presence] in Serum by pVNT
95410-7 SARS-CoV-2 (COVID-19) neutralizing antibody [Titer] in Serum by pVNT
94644-2 SARS-CoV-2 (COVID19) ORF1ab region [Cycle Threshold #] in Respiratory specimen by NAA with probe detection
94511-3 SARS-CoV-2 (COVID19) ORF1ab region [Cycle Threshold #] in Unspecified specimen by NAA with probe detection
94559-2 SARS-CoV-2 (COVID19) ORF1ab region [Presence] in Respiratory specimen by NAA with probe detection
95824-9 SARS-CoV-2 (COVID-19) ORF1ab region [Presence] in Saliva (oral fluid) by NAA with probe detection
94639-2 SARS-CoV-2 (COVID19) ORF1ab region [Presence] in Unspecified specimen by NAA with probe detection
94646-7 SARS-CoV-2 (COVID19) RdRp gene [Cycle Threshold #] in Respiratory specimen by NAA with probe detection
94645-9 SARS-CoV-2 (COVID19) RdRp gene [Cycle Threshold #] in Unspecified specimen by NAA with probe detection
96120-1 SARS-CoV-2 (COVID-19) RdRp gene [Presence] in Lower respiratory specimen by NAA with probe detection
94534-5 SARS-CoV-2 (COVID19) RdRp gene [Presence] in Respiratory specimen by NAA with probe detection
96091-4 SARS-CoV-2 (COVID-19) RdRp gene [Presence] in Saliva (oral fluid) by NAA with probe detection
94314-2 SARS-CoV-2 (COVID19) RdRp gene [Presence] in Unspecified specimen by NAA with probe detection
96123-5 SARS-CoV-2 (COVID-19) RdRp gene [Presence] in Upper respiratory specimen by NAA with probe detection
94745-7 SARS-CoV-2 (COVID19) RNA [Cycle Threshold#] in Respiratory specimen by NAA with probe detection
94746-5 SARS-CoV-2 (COVID19) RNA [Cycle Threshold#] in Unspecified specimen by NAA with probe detection
94819-0 SARS-CoV-2 (COVID19) RNA [Log#/volume] (viral load) in Unspecified specimen by NAA with probe detection
94565-9 SARS-CoV-2 (COVID19) RNA [Presence] in Nasopharynx by NAA with non-probe detection
94759-8 Sars-CoV-2 (COVID19) RNA [Presence] in Nasopharynx by NAA with probe detection
95406-5 SARS-CoV-2 (COVID-19) RNA [Presence] in Nose by NAA with probe detection
95608-6 SARS-CoV-2 (COVID-19) RNA [Presence] in Respiratory specimen by NAA with non-probe detection
94500-6 SARS-CoV-2 (COVID19) RNA [Presence] in Respiratory specimen by NAA with probe detection
95424-8 SARS-CoV-2 (COVID-19) RNA [Presence] in Respiratory specimen by Sequencing
94845-5 SARS-CoV-2 (COVID19) RNA [Presence] in Saliva (oral fluid) by NAA with probe
94822-4 SARS-CoV-2 (COVID19) RNA [Presence] in Saliva (oral fluid) by Sequencing
94660-8 SARS-CoV-2 (COVID19) RNA [Presence] in Serum or Plasma by NAA with probe detection
94309-2 SARS-CoV-2 (COVID19) RNA [Presence] in Unspecified specimen by NAA with probe detection
94531-1 SARS-CoV-2 (COVID19) RNA panel - Respiratory specimen by NAA with probe detection
95826-4 SARS-CoV-2 (COVID-19) RNA panel - Saliva (oral fluid) by NAA with probe detection
94306-8 SARS-Cov-2 (COVID19) RNA panel - Unspecified specimen by NAA with probe detection
94642-6 SARS-CoV-2 (COVID19) S gene [Cycle Threshold #] in Respiratory specimen by NAA with probe detection
94643-4 SARS-CoV-2 (COVID19) S gene [Cycle Threshold #] in Unspecified specimen by NAA with probe detection
94640-0 SARS-CoV-2 (COVID19) S gene [Presence] in Respiratory specimen by NAA with probe detection
95609-4 SARS-CoV-2 (COVID-19) S gene [Presence] in Respiratory specimen by Sequencing
94767-1 SARS-CoV-2 (COVID19) S gene [Presence] in Serum or Plasma by NAA with probe detection
94641-8 SARS-CoV-2 (COVID19) S gene [Presence] in Unspecified specimen by NAA with probe detection
96603-6 SARS-CoV-2 (COVID-19) S protein RBD neutralizing antibody [Presence] in Serum or Plasma by Immunoassay
95970-0 SARS-CoV-2 (COVID-19) specific TCRB gene rearrangements [Presence] in Blood by Sequencing
94764-8 SARS-coV-2 (COVID19) whole genome [Nucleiotide sequence] in Isolate by Sequencing
94313-4 SARS-like coronavirus N gene [Cycle Threshold #] in Unspecified specimen by NAA with probe detection
94310-0 SARS-like coronavirus N gene [Presence] in Unspecified specimen by NAA with probe detection
96121-9 SARS-related coronavirus E gene [Presence] in Lower respiratory specimen by NAA with probe detection
95823-1 SARS-related coronavirus E gene [Presence] in Saliva (oral fluid) by NAA with probe detection
96122-7 SARS-related coronavirus E gene [Presence] in Upper respiratory specimen by NAA with probe detection
94502-2 SARS-related coronavirus RNA [Presence] in Respiratory specimen by NAA with probe detection
94647-5 SARS-related coronavirus RNA [Presence] in Unspecified specimen by NAA with probe detection
94532-9 SARS-related coronavirus+MERS coronavirus RNA [Presence] in Respiratory specimen by NAA with probe detection